1 iyul 2012-ci ildə biotibbi və həyat elmlərində məlumatların istifadəsini təkmilləşdirməyə həsr olunmuş yeni qlobal alyans olan DELSA Qlobal bir neçə irimiqyaslı, tətbiqi elm DELSA tərəfindən təsdiqlənmiş Layihələrə start verdi. Bunlar onlayn bulud yaddaşında saxlanılan böyük həcmdə məlumatların mübadiləsini, təhlilini və paylanmasını nəzərdə tutan beynəlxalq layihələrdir. Belə layihələrdən biri zülalları və onların müxtəlif orqanizmlərdə və mühitlərdə, o cümlədən insanlarda qarşılıqlı təsirini öyrənən elm olan proteomikaya əsaslanır. Biotibb proteomikaya böyük ümidlər bəsləyir.
Proteomika və s.
Hal-hazırda dünyanın bir çox tədqiqat mərkəzlərində proteomika tədqiqatları aparılır, hər biri öz yanaşmasından istifadə edir və buna görə də müxtəlif yerlərdə əldə edilmiş xam məlumatlarla sərt disklərdə saxlanılan məlumatların müqayisəsi çox vaxt fundamental çətinliklərlə əlaqələndirilir. Bir mütəxəssis kimi, DELSA Global-ın həmtəsisçisi və prezidenti, Seattle Uşaq Xəstəxanasının Baş Məlumat Mütəxəssisi və Vaşinqton Universitetinin biotibbi informatika professoru Eugene Kolker izah edir: “Bu, alma və portağalları müqayisə etmək kimidir.” Bununla belə, internetdə sərbəst şəkildə əldə edilə bilən və müvafiq qaydada aid edilən məlumatlar müqayisə oluna bilər və buna görə də geniş mütəxəssislər üçün informativ ola bilər.
Yevgeni Kolker. Şəkil şəxsi arxivdən.
Proteomik məlumat bazalarına sadə istifadəçi interfeysi yaratmaq üçün müəyyən bir zülalın hansı orqanizmdə, hansı toxumalarda və hansı şəraitdə ifadə olunduğunu bilmək lazımdır. Bu müraciət əsasında Yevgeni Kolkerin laboratoriyasında dünya üzrə 2000-dən çox laboratoriya tərəfindən istifadə edilən MOPED, Model Orqanizm Zülal İfadəsi Verilənlər Bazası adlı unikal və ictimaiyyətə açıq olan protein bazası yaradılmışdır. İstifadəçilər öz məlumatlarını müxtəlif orqanizmlərin, o cümlədən insanların zülalları haqqında məlumatları ehtiva edən MOPED məlumatları ilə müqayisə edərək statistik cəhətdən etibarlı nəticələr əldə edirlər. Xüsusilə, bədəndə müəyyən bir pozğunluqla əlaqəli yeni bir zülal aşkar etdikdə, həqiqətən yeni olanı digər tədqiqatçılar tərəfindən bilinən və kəşf edilənlərdən ayırmaq üçün MOPED kimi proqram alətindən istifadə edə bilərlər.
Belə ki, MOPED məlumat bazasının yaradıcıları ABŞ-ın Pensilvaniya Universiteti və Fransanın Strasburq Universitetindən olan həmkarları ilə birlikdə 2-ci tip diabetin inkişafı ilə əlaqəli iki protein molekulunu kəşf ediblər. Məlum olub ki, bunlar tənzimləyici zülallardır və lazım olduqda bədənin insulin istehsalını bərpa etmək üçün istifadə edilə bilər. Bu zülallardan biri hazırda preklinik sınaqlardan keçir.
MOPED məlumat bazasından DELSA alyansının üzvləri olan rusiyalı tədqiqatçılar da öz işlərində istifadə edirlər. Bu, Rusiya Tibb Elmləri Akademiyasının akademiki, V.N. adına Dövlət Biotibbi Kimya İnstitutunun direktoru Aleksandr Arçakovun rəhbərlik etdiyi alimlər qrupudur. Orekhoviç RAMS, İnsan Genomunu əvəz edən qlobal layihədə iştirak edir. Söhbət Rusiyanın 18-ci xromosomla kodlaşdırılmış insan orqanizminin zülallarına cavabdeh olduğu Human Proteome Layihəsindən gedir.
DELSA Global-ın yeni irimiqyaslı layihələrindən biri Qlobal Zülal Atlasıdır. Beynəlxalq alyansın üzvləri bu barədə ilk dəfə bu yaxınlarda, bu ilin may ayında ABŞ-ın Bethesda şəhərində keçirilən toplantısında danışıblar. Onun məqsədi genomik məlumatlara əsaslanaraq, bütün növ zülal molekullarını bir sıra parametrlərə görə xarakterizə etməkdir, məsələn: müəyyən bir zülal hansı toxumada, hansı xəstəlikdə, hansı mühitdə və hansı konsentrasiyada ifadə olunur. Layihəni həyata keçirmək üçün DELSA iştirakçıları, xüsusən də başqa bir irimiqyaslı layihənin – İnsan Mikrobiomunun məlumatlarından istifadə edəcəklər ki, bu layihədə tədqiqatçılar insan orqanizmində 10 minə yaxın müxtəlif növ mikrobların yaşadığını müəyyən ediblər. Birlikdə onlar təxminən 8 milyon protein kodlayan geni ifadə edirlər. Bu məlumatların işlənməsi və saxlanması mütləq xüsusi şərtlər tələb edəcəkdir.
Bulud Xilasetmə
Bioinformatika texnologiyaları harada saxlanacağı, necə saxlanacağı və proteomika, genomika, mikrobiomika və digər sözdə “-omika” ilə əldə edilən məlumatlara çıxışı necə təmin etmək barədə suallara cavab verir. Rusiya Tibb Elmləri Akademiyasının müxbir üzvü, V.N adına Dövlət Tədqiqat Kimya İnstitutunun elmi işlər üzrə direktor müavini, “Əgər bu məlumatlar ümumiyyətlə əlçatan olmayan və ya əlçatan olan, lakin uyğun olmayan sürətlə kompüterdə saxlanılarsa, onda heç kim bu məlumatları təhlil edə bilməyəcək və vergi ödəyicisinin nöqteyi-nəzərindən bu, vaxt itkisidir” dedi. Orexoviç RAMS Andrey Lisitsa.
Hələ Birinci Kanaldan, arxiv.
“İnsan terabaytlarla məlumat yaratdı, ondan mütəxəssis olduğu konkret sahə üzrə bir və ya iki məqalə üçün material toplaya bildi, lakin qalan hər şey elmi ictimaiyyət üçün qapalı oldu. Buna görə də, indi istənilən yüksək effektiv eksperimentin şərti məlumatların ictimai əlçatan deyilən depolarda yerləşdirilməsidir”, – alim hesab edir.
Bənzər bir nöqteyi-nəzərdən Yevgeni Kolker belə ifadə edir: “Dünyada 20-40 min laboratoriya eksabaytlarda (ekzabayt 10 18 və ya 2 60 bayta bərabər məlumat miqdarının ölçü vahididir) məlumat istehsal edir, onlardan yalnız 10 faiz daxilində istifadə olunur – bundan çox deyil və onlar heç bir yerdə istifadə edilmir və hər hansı bir şəkildə yerləşdiyi üçün istifadə edilmir. Və heç bir yerdə olmayan böyük miqdarda məlumatla kim ağlabatan bir şey edə bilər, Google kimi, Yandex kimi, Çin axtarış motoru Baidu kimi, onların müxtəlif texnologiyaları var, onların paylama mərkəzləri var və son vaxtlar onlar bulud texnologiyalarından son dərəcə səmərəli istifadə etməyə başlayıblar, baxmayaraq ki, bioloji məlumatlar çox müxtəlifdir – bu, bizim alqı-satqılarımız haqqında məlumatların təhlili deyil. Andrey Lisitsa haqqında danışdığı ictimai depolar bulud xidmətləri və ya bulud texnologiyaları adlanan xidmətlər təqdim edir. Onlar ümumi məlumat hovuzuna hər yerdə və rahat tələb olunan şəbəkəyə çıxışı təmin edir. Kolker deyir: “Buludlar elmi araşdırmalar üçün çox ağıllı tərəfdaşdır”.
Proteomikanın gələcək inkişafı bioinformatika metodlarının təkmilləşdirilməsi və mürəkkəb verilənlərin emalı alqoritmlərindən istifadə edəcək klaster hesablama sistemlərinin inkişafı ilə bağlıdır. Bununla belə, heç bir miqdar məlumat manipulyasiyası insan müdaxiləsi olmadan məlumatların mənasını aşkar edə bilməz. Andrey Lisitsanın fikrincə, bu, gözəl illüziyadır: “Solda bu məlumatların atıldığı saxlama qurğumuz, sağda güclü hesablama klasterimiz var, “körpəciklər” ilk olaraq hazırladıqları alqoritmləri ora yükləyir, klaster məlumatları götürür, ətçəkən maşın kimi emal edir və həyatın necə təşkil olunduğuna dair fundamental suala cavab verir”. Hələlik hər şey o qədər də sadə deyil və insan alimi heç bir mərhələdə bu prosesdən kənarda saxlamaq olmaz.
